Вторая часть Prototype 2 была анонсирована Activision. В новой части игры нам представится возможность побыть в шкуре сержанта Джеймса Хэллера. Который после продолжительной командировки наконец-то оказывается в родном Нью-Йорке, где его ждут новости, далеко не из приятных, его семья погибла, а город терпит нашествие различных кровожадных мутантов. И виноват в этом, никто иной, как Алекс Мерсер, ведь это он выпустил на свободу Элизабед Грин, которая в свою очередь, содействовала тому, чтобы страшный вирус снова разгуливал по улицам города. Главной целью жизни Джеймса Хэллера становится месть. В игре Prototype 2 изменилась система усовершенствования способностей, которая многим уже поднадоела, отныне мы будем улучшать своего главного героя с помощью врагов и системы подземных логовищ. Так же у нас появилась возможность использовать сонар, благодаря которому можно обнаруживать местонахождение противников, даже если они вне зоны видимости (например, прячутся за зданием). Еще одной спецификой игры является огромное количество мутаций, который нам будет разрешено выбирать в ограниченном количестве для каждой новой миссии. Что касается графики, то она не потерпела серьезных изменений и будет смахивать на графику из игры первой части.